En typographie contemporaine (ne pas s’inspirer des graphies anciennes), il n’y a à ma connaissance qu’un seul principe qui permet d’affecter les majuscules à quelque mot que ce soit : c’est le principe valeur absolue-valeur relative. Il hiérarchise en fait tous les autres « sous-principes » que l’on trouve de manière désordonnée dans différentes sources qui ne traitent que de cas particuliers.
Donc, la majuscule s’affecte si le mot (ou groupe homogène de mots) a une valeur absolue, c’est-à-dire s’il caractérise une réalité unique parfaitement définie dans le contexte : nom de personne (patronyme, surnom), de lieu (toponyme), d’évènement (chrononyme), d’organisation (raison sociale, organisme enregistrés) ou d’autres. Dès lors qu’il est relativisé par un complément qui le réduit, il reste un nom commun.
Ici, l’appellation « Commission des phares » est auto-suffisante dans son contexte (cf. Wikipédia) et c’est donc un « nom propre ». Une « commission des finances » ne l’est pas car on doit préciser (au moins une fois) de quoi il s’agit : de celle de l’Assemblée nationale, de la mairie de X  ou de n’importe quelle autre association ou syndicat. 
NB Dans un groupe de mots, il est en général superflu d’accumuler les majuscules. Si le premier mot est majusculé, les autres noms communs restent avec minuscule initiale.