En général,  Le subjonctif s’impose dans les propositions relatives :
après un adjectif ou un adverbe au superlatif, après « le seul/la seule, le premier/la première, il n’y
a que », Exemple : Il n’y a que mon ami qui me comprenne. Mon ami est le seul qui me comprenne.

Tu n’es pas le seul qui a travaillé dur.
Tu n’es pas le seul qui ait travaillé dur.
On peut vouloir en effet une subordonnée : ce peut être une façon d’insister.
Le choix de l’indicatif ou du subjonctif dépend de l’angle selon lequel on considère les faits.
– à l’indicatif le fait d »avoir travaillé dur est reconnu dans sa réalité concrète
– au subjonctif, l’attention se déplace sur la principale : tu n’es pas le seul et le fait d’avoir travaillé dur passe au second plan.
D’ailleurs le vis à vis reçoit les deux formulations différemment.
Dans le premier cas il voit reconnu son effort. Dans le second cas, il retiendra surtout la remise en question de son cas particulier.

Le choix entre indicatif et subjonctif est une nuance mais parfaitement perçue par les interlocuteurs et peut avoir des implications relationnelles concrètes et importantes parfois.

Comme expliqué dans les autres réponses, les deux modes (indicatif ou subjonctif) peuvent se concevoir.
Il ne faut en oublier pour autant d’accorder le verbe de préférence avec le pronom sujet, même si l’usage et certains grammairiens, dont Grevisse, se montrent très tolérants  à cet égard :
– Nous sommes les seuls (ceux, quelques-uns) qui avons travaillé dur ;
– Vous êtes  les seuls qui avez (ayez) travaillé dur ;
Donc :
– Tu es le seul qui as (aies) travaillé dur.
NB Idem avec le premier, le dernier, l’unique.