Elle l’avait appelée.
L’auxiliaire est avoir – on regarde s’il y a un COD et s’il est placé avant – c’est le cas
|l’| est un pronom ; il est féminin singulier (avec le présentatif « c’est » on a :  c’est elle qu’elle avait appelée.
Le pronom |l’`est placé avant : l’accord se fait.