Comment vont ton fils, ta tante ?
Le sujet du verbe est « ton fils, ta tante », donc deux sujets séparés par une virgule, ce qui appelle le pluriel. Cela équivaut grammaticalement à « ton fils et ta tante ». La question est traitée ici, les rares cas où l’accord se fait au singulier sont cités, mais ils ne concernent pas cette phrase.
Dans le cas présent, il s’agit d’une question, donc il y a inversion du sujet et du verbe, ce qui crée peut-être le doute. Citons une phrase affirmative : ton fils, ta tante font du ski (et non pas fait du ski).
Ou encore, pour reformuler votre question : comment ton fils, ta tante vont-ils ? (et non pas comment ton fils, ta tante va-t-elle ?)