Quelle que fût l’importance de ces journées, nous nous souviendrons toujours
La proposition en gras est vraiment une subordonnée, vous avez raison. Elle équivaut à : Aussi grande que fût l’importance de ces journées
Cette proposition subordonnée exprime la concession .

Pour répondre à votre question : y a-t-il problème de la faire suivre par une principal dont le verbe est au futur ?
Non, si elles sont chacune bien situées dans le temps. La subordonnée au subjonctif imparfait situe le fait être important dans le passé de l’énonciateur et le fait se souvenir dans son futur.
Si les deux faits se situent dans le futur il faut abandonner l’imparfait pour le présent du subjonctif et écrire : Quelle que soit l’importance de ces journées, nous nous souviendrons toujours.

Remarque : la valeur temporelle du subjonctif est faible. Elle est surtout donnée par la principale.