Il n’y a pas de mystère, le participe en apposition s’accorde avec le pronom (ou nom) auquel il se rapporte, donc « arrivé à bon port, chacun rejoint son logement » (à comparer avec « arrivés à bon port, tous rejoignent leur(s) logement(s) ».

PS Je vois qu’une nouvelle réponse soulève un doute sur l’accord qui pourrait prétendument se faire avec des éléments non présents dans la phrase. Il s’agit là d’une construction défectueuse appelée anacoluthe. Même si on la trouve hélas sous des plumes autorisées (exemples chez Mérimée,  Léo Mallet, Michel del Castillo et d’autres depuis Racine), elle reste bancale et sème la confusion dans une phrase. Comme le rappelle Bruno Dewaele, référence du Projet Voltaire, on doit l’éviter. Un participe détaché, présent ou passé, se rapporte au nom auquel il est apposé, pas à un autre.