Il y a surtout des êtres d’exception et mon cher compagnon François ainsi que son épouse en font partie.

Ici, « ainsi » est conjonction de coordination, comme « et » : on a deux sujets.
Pour vérification : on ne peut pas placer le groupe « ainsi que son épouse », en tête.
Si on le déplace après le verbe, il tient lieu d’ajout. :
Il y a surtout des êtres d’exception et mon cher compagnon François en fait partie, ainsi que son épouse.