Bonjour,
Dans ce type de phrases introduites par Comment avec une conjugaison composée, on rappelle le sujet par un pronom après l’auxiliaire. Cependant, il arrive fréquemment, à l’oral familier, que cette règle ne soit pas respectée.

Le verbe changer peut signifier soit évoluer, soit modifier. Dans le premier cas, la chose qui n’est plus la même est le sujet du verbe (Le monde change = Le monde évolue)  ; dans le second cas,  la chose qui n’est plus la même est l’objet  (Il change le texte = Il modifie le texte) .

Avec votre exemple, les deux auxiliaires sont possibles mais ne correspondent ni au même temps de conjugaison, ni exactement au même sens (même si cela reste proche) :
Comment la classe a-t-elle changé ? [passé composé à la voix active] = vous souhaitez savoir comment la classe a évolué
Comment la classe est-elle changée ? [présent à la voix passive] = vous souhaitez savoir ce qui a été modifié