Il s’agit d’une réponse à la phrase « Qu’est-ce qu’il y a ?« , qui équivaut à « Qu’est-ce qui ne va pas / qu’est-ce qui t’ennuie ?« .
Donc ici « il y a » équivaut à « ce qui ne va pas / ce qui m’ennuie« .
Il y a qu’elle ne m’a pas encore appelé –> Ce qui ne va pas / ce qui m’ennuie, c’est qu’elle ne m’a pas encore appelé.