Bonsoir.
À propos de la 2e partie de votre question, l’emploi du présent dans la principale  « Qu’il soit venu hier ne m’étonne pas. » signifie qu’au moment présent où vous parlez, vous n’êtes pas étonné(e). C’est parfaitement correct.
Si vous aviez utilisé le passé composé « Qu’il soit venu hier ne m’a pas étonné(e).« , cela aurait voulu dire qu’en le voyant arriver hier vous ne vous êtes pas étonné(e) ou du moins que vous vous êtes fait la réflexion il y a déjà un certain moment.

Comme l’ont déjà très bien expliqué mes camarades, l’emploi du subjonctif s’impose dans la subordonnée et ne crée aucun doute sur le fait qu’il est réellement venu. Cependant, si vous pensez en employant le subjonctif qu’on pourra comprendre qu’il y a une incertitude, n’hésitez pas à bousculer la composition de votre phrase en disant par exemple : « D’apprendre (ou De constater, De m’apercevoir…) qu’il est venu hier ne m’étonne pas« .