« La totalité des élèves » est une tournure maladroite, et qui finalement vous induit en erreur.
De plus, je suis de l’avis de Joëlle, le sens de « la moyenne totale »  n’est pas très clair.
Ma suggestion :
Dès lors que tous les élèves, quel que soit le lieu de leur activité,  appartiennent à la même école , seule la moyenne de l’établissement est prise en considération »