« Je suis heureux » et « je n’étais pas sûr » nous donnent des indices importants, aussi, voici comment je comprends la phrase :
Je suis heureux, je me demandais si (un jour) je pourrais rencontrer tes enfants. (et non pas « pourrai « )
Cependant, on « rencontre » avant de « connaître« .
C’est probablement la raison pour laquelle Ouatitm a compris la phrase dans un autre sens : je pensais ne pas les connaître, mais en réalité je les connaissais déjà.

La réponse à votre question est claire : non, ici le futur serait une erreur (voir réponse de Tara).
Je suis heureux, je n’étais pas sûr que je rencontrerais tes enfants.
Mais la tournure est un peu lourde, on dira plutôt « je n’étais pas sûr de rencontrer tes enfants ».