La tempête était plus violente que je ne le (penser)
Selon l’ordre chronologique des faits,et leur valeur,  plusieurs temps sont possibles :
La tempête était plus violente que je ne le pensais : simultanéité : 2 imparfaits
La tempête était plus violente que je ne l’avais pensé : antériorité de penser sur être : imparfait + plus que parfait
La tempête était plus violente que je ne l’aurais pensé : antériorité de penser sur être + hypothèse de penser : imparfait + conditionnel passé
et au cas d’un passé proche où le passé composé « remplace le passé simple » :
La tempête était plus violente que je ne l‘ai pensé ; antériorité de penser sur être (récit d’un passé rattaché au présent) : imparfait + passé composé

Quand on a affaire à un temps composé se pose la question de l’accord du participe passé. Joëlle vous a dit que « le » ne représente dans aucun des cas « tempête » . « Le » est un pronom personnel COD du verbe « penser » qui reprend l‘idée de la proposition précédente : l’intensité de la violence de la tempête. Il est donc neutre. En français le neutre s’exprime, faute de mieux, par le masculin singulier. D’où  >>> que je ne l’avais/aurais/ai pensé