Bonjour
Si  l ‘ a  la valeur   de “cela”, le participe  reste  invariable.
on rajoute : Le participe passé qui a pour COD le pronom  l’  reste au masculin singulier , vu qu il est  jugé neutre .
Dans cette phrase :  Elle partit  comme elle l’avait souhaité (e)
on pose la question elle avait souhaité quoi? l’ = neutre
Donc on dit :   Elle partit comme elle  l’avait souhaité.