Bonjour Lazarre, en est un pronom indéfini ayant comme sens « une partie, un certain nombre de quelque chose » (ici des balles). À ce titre, et bien qu’il soit considéré comme COD, on n’accorde pas le participe passé avec lui (ou plus précisément, on accorde le participe passé avec lui — grammaticalement, au masculin singulier  — et non pas avec les choses qu’il représente qui, elles, sont généralement au pluriel et peut-être au féminin). On écrira donc je n’en ai mis aucune (et non mises).