La forme correcte est :
Que s’est-il passé ou qu’est-ce qu’il s’est passé ? 
Pourquoi ?
à l’affirmative : il s’est passé quelque chose de prodigieux…ou il s’est passé une chose incroyable.

En général, on emploie QU’IL lorsque le verbe est ESSENTIELLEMENT impersonnel.
* Il faut CE QU’IL faut. Voilà CE QU’IL vous faut.
* Je ne sais pas CE QU’IL y a.
* Voici ce qu’il convient de faire

Toutefois, on peut dire aussi bien :
– on verra ce qu’il se passera (un événement se produira; il est précis)
– on verra ce qui se passera  (il se passera quelque chose, « il » est le sujet impersonnel car on ne précise pas l’événement)
« Ce qui s’est passé » est employé lorsque le pronom qui renvoie à un antécédent.

– il sait ce qui lui reste à faire ou ce qu’il lui reste à faire.
(même analyse au sujet de l’antécédent)
* Le peu d’argent QUI lui restait. (Stendhal)

Toutefois, l’usage est fluctuant quand le verbe est impersonnel ou personnel.
* Choisis CE QUI te plaît. (= ce qui t’attire)
* Choisis CE QU’IL te plaît. (= ce que tu voudras., sous-entendu : ce qu’il te plaît de faire.