C’est assez surprenant.
Je viens de récupérer un extrait de La Curée, dans lequel effectivement, on trouve toutes les plantes et arbres écrits avec une majuscule.
D’un autre côté, je suis tombé sur un manuscrit de Zola pour La Faute de l’abbé Mouret , spécifiquement consacré à son analyse botanique préparatoire, dans lequel il n’en met aucune.
Je n’ai d’autre solution que de penser à un pur choix éditorial, difficilement compréhensible de nos jours. Des règles précises régissent maintenant la typographie des termes de botanique et de zoologie, mais peut-être n’étaient-elles pas encore figées à l’époque…