« Il arrive et les verbes de sens analogue (il advient , plus rarement il survient ) se construisent aujourd’hui le plus souvent avec le subjonctif

[…]
Cf. Le Bon usage électronique de 2017, n° 1127, a, 2°.

2° Ces deux ouvrages de référence signalent et admettent l’indicatif précisément dans le cas qui vous occupe, Incertitude, soit avec il arriva que.

– Cf. le dictionnaire cité ci-dessus : « … le subjonctif est devenu le mode habituel dans tous les cas (sauf après il arriva que) ».  Il arrive que « est aujourd’hui suivi couramment du subjonctif, sauf après il arriva que, en quelque sorte explétif et signifiant  : il se fit que, sans idée de répétition  ;  on le traduirait facilement  par un jour  : Il arriva que  je le rencontrai. – Il arriva que les vues américaines l’emportèrent (Ch. de Gaulle) – Il arriva que le ménage se trouva dans une gêne extrême (M. Aymé). 

– Cf. aussi Le Bon usage électronique de 2017, Id.  « Il arrive et les verbes de sens analogue (il advient , plus rarement il survient ) se construisent aujourd’hui le plus souvent avec le subjonctif, sauf quand le verbe support est au passé simple. […]Il arriva que je me sentis malade (Alain, Hist. de mes pensées, p. 52). »

Ma conclusion :
Incertitude, voilà pourquoi :
– vous avez lu « il arriva que la crème se transforma en beurre » ;
– on peut considérer que le passé simple est ici correct.
Rem. : je n’estime pas que il + arriver  à l’indicatif soit vieilli dans les phrases au passé. 

Bonne soirée.  🙂