Vous posez la question du subjonctif dans une proposition relative. En fait, ce subjonctif n’est pas obligatoire (il ne figure pas parmi les emplois obligatoires dans une relative).
Je lis dans un cours de grammaire que le subjonctif attire le subjonctif : quelle que soit la réponse que nous fassions ; je ne crois pas que ce soit cet homme que je prenne jamais comme conseiller...Mais ce même usuel donne aussi des exemples d’indicatif : Quelque abrupt que soit le roc que nous gravissons. 

Donc, au choix….Pour ma part, j’utiliserais l’indicatif puisque dans votre phrase il est question de la réalité d’un fait : des gens sont malheureux. 

Pour tout dire, mais je ne voulais pas m’en sortir par une pirouette, je supprimerais la subordonnée : Je comprends qu’il y ait des gens malheureux, mais…

Attention, etc. n’est pas suivi de…

D’accord merci.

Nous ne sommes pas dans un des trois cas où il  il convient de mettre le subjonctif après comprendre que ; il convient donc d’utiliser l’indicatif.

Par conséquent,  le problème du subjonctif par attraction ne se pose pas.

J’écrirais  donc : je comprends qu’il y a des gens qui sont malheureux, mais…