soupçonnés s’accorde avec le COD « liens » antéposé (auxiliaire avoir).

Dans votre phrase, pour appliquer les règles de base de la grammaire française, n’accordez pas le participe passé « soupçonné ».

— Cours sur le COD —

Prenons deux phrases :
— Le chat mange la souris.
— Le policier soupçonne une erreur.

1. L’objet (ou le complément d’objet, c’est pareil) est la chose qui subit l’action faite par le sujet (ou en est le résultat : le policier dessine une souris, et d’autres liens sémantiques encore sont possibles).
— La souris est-elle une chose qui subit l’action du chat ? Oui.
— L’erreur est-elle une chose qui subit l’action du policier ? Non.
Donc la souris est un COD, et l’erreur n’est pas un COD. Tout juste un pseudo-objet (le syntagme qui suit le verbe).

2. Est-ce qu’il devient sujet du verbe mis à la voix passive ?
— La souris est mangée par le chat. Oui.
— L’erreur est soupçonnée par le policier. Non.
… Car de quoi serait-elle donc soupçonnée ?

3. Est-ce qu’on peut en faire la réponse à une question introduite par un interrogatif COD ?
— Que mange le chat ? Une souris. Oui.
— Que soupçonne le policier ? Une erreur. Non.
… Car la bonne réponse est :
— Que soupçonne le policier ? Qu’il y a une erreur ; l’existence d’une erreur : le policier soupçonne qu’il y a une erreur.

4. Est-ce qu’on peut le transformer en pronom accusatif ? Non.
— Le chat la mange (la souris). Oui.
— Le policier la soupçonne (l’erreur) ; le policier en soupçonne (une erreur). Non.
… Car la bonne construction est :
— Le policier soupçonne une erreur ; il le soupçonne depuis longtemps. On voit que le pronom « le » est masculin et ne s’applique donc aucunement à l’erreur, mais au fait qu’il y ait une erreur.

Nous avons démontré, selon quatre critères différents que si « souris » est COD de « manger », « erreur » n’est pas COD de « soupçonner ».

On accorde le participe passé avec le COD antéposé.
On écrit donc :
— La souris que le chat a mangée.
— L’erreur que le policier a soupçonné.

— Votre phrase —

* Si les liens préexistaient à votre analyse, alors vous ne les avez pas faits.
Vous pouvez écrire :
— J’ai découvert des liens dont je ne n’aurais pas soupçonné l’existence.
— J’ai découvert des liens que je n’aurais pas soupçonnés (d’exister).
… « liens » est COD de « soupçonner ».

* Si vous avez fait des liens, alors ils ne préexistaient pas à votre analyse.
Vous pouvez écrire :
— J’ai fait des liens dont je ne n’aurais pas soupçonné la possibilité (qu’ils pussent être faits).
— J’ai fait des liens que je n’aurais pas soupçonné (pouvoir faire).
… « liens » n’est certainement pas COD de « soupçonner ».

Si vous voulez dire un peu les deux à la fois (« découvrir des liens qui existent », et « faire des liens »), c’est une faute de raisonnement, donc une faute de construction, et il est normal que vous ne réussissiez pas à accorder le participe passé d’une façon logique. Vous devez alors repenser votre phrase pour décider le sens (probablement un des deux sens ci-dessus) que vous voulez lui donner.