Votre proposition 2 est très correcte pour la concordance des temps « classique », mais Le subj. présent est suffisant pour un usage moderne.
Elle paya leur école pendant des années pour qu’ils petit-déjeunent d’un café plutôt que d’une soupe.

Je vous remercie pour votre réponse.

Rien à ajouter à la réponse de Joëlle, pour ce qui est de la concordance des temps.
Mais…

Je tiens toutefois à préciser, d’une part, que « le petit déjeuner » s’écrit sans trait d’union, et d’autre part que le verbe « petit-déjeuner » n’existe pas !
Vous me répondrez sans doute qu’il existe, puisqu’il est employé ?
Dans ce cas, je suppose que le verbe « croiver  » est censé « exister », puisque nous croisons au quotidien la tournure « ils croivent  » ?

On dira plutôt :
Le matin, les enfants déjeunent d’un café.
Ils n’ont eu qu’un café pour tout petit déjeuner.
Elle paya leur école pendant des années pour qu’ils puissent prendre un petit déjeuner correct.

De plus, on ne comprend pas très bien le sens de votre phrase : s’il s’agit d’enfants, un café est-il plus indiqué qu’une soupe, au petit déjeuner ? Et quel rapport avec l’école payante ?