quelque est ici adverbe donc invariable. Il n’y a pas d’accords, il faut écrire :
Les quelque trente patients que j’ai eu à examiner.
Au cours des quelque soixante entretiens que j’ai eu à mener.

Oui, mais il faut dire comment reconnaître que quelque est adverbe ici.

Quelque est adverbe et invariable quand il signifie « environ » . il modifie alors un déterminant numéral.
Les  trente  patients environ que j’ai eu à examiner.

Les quelques 30 patients que j’ai eu à examiner.
Au cours des quelques soixante entretiens que j’ai eu à mener.

Pour ce qui concerne l’accord ou non du participe passé « eu » :
« Avoir à » est une locution verbale signifiant « devoir ». Comme « devoir », « avoir à » est semi-auxiliaire, c’est à dire qu’il sert à modaliser le verbe, ici examiner en phrase 1 et  « mener » en phrase 2
Le pronom relatif « que » (qui reprend « entretiens », masculin pluriel)  est COD du verbe « examiner en phrase 1 et  « mener » en 2.
Un semi-auxiliaire n’a pas de COD, il n’est là que pour le verbe qu’il modalise. C’est pourquoi « eu » reste invariable.

Merci =)