La question de l’accord ne se pose pas. Votre phrase est correcte. Les capitales ne sont pas souhaitables.

1- L’accord du participe passé avec l’auxiliaire avoir se fait avec le COD s’il est placé avant le participe. Ici le COD (un stage) est placé après le verbe, donc pas d’accord.

2- On met une majuscule aux noms propres et prénoms.  Les noms peuvent être écrits en capitales pour différencier le nom d’un prénom, lorsqu’une confusion est possible, mais aussi pour la signature d’une lettre, dans une liste et sur la couverture ou la page de titre d’un ouvrage.
Aussi on peut admettre d’utiliser les capitales pour Robert, qui est le patronyme, pour le distinguer du prénom.

Je soussigné, Philippe ROBERT, Directeur, certifie que Mademoiselle Monica Dupont a suivi un stage dans la société Xyz.

Bonjour,

« Je soussigné, Philippe ROBERT, Directeur, certifie que Mademoiselle Monica DUPONT a suivi un stage dans la société XYZ. »

Il me semble que vous abusez des capitales. Les seules qui me paraissent indispensables sont celles à Je,  Philippe, Robert, Mlle, Monica, Dupont et Xyz. Ce qui fait déjà pas mal !
La capitale à directeur n’est pas gouvernée par une déférence quelconque puisqu’il s’agit du signataire. Celles qui sont à l’intérieur de Robert et Dupont ne se justifient que si cette lettre est rédigée à la main, par quelqu’un qui a une écriture de cochon (un médecin par exemple) et qui veut éviter une erreur de lecture.  Par ailleurs, devant le prénom et le nom, il est de coutume d’abréger le titre de civilité (ici Mlle, avec lle en exposant si possible, pour Mademoiselle).