Effectivement, la règle dit qu’il faut lier par un tiret l’adverbe non avec un substantif : le non-paiement ; la non-volonté…
Elle dit aussi que l’on ne le lie pas lorsqu’il est suivi d’un adjectif (ou participe passé) : liste non exhaustive ; taxe non payée…

Dans ta phrase, prise en compte compte pour un substantif (en tous cas, ce n’est pas un adjectif…), donc c’est la non-prise en compte.

En compte est le complément du nom prise, comme dans la non-prise d’information, la non-prise de risque, la non-prise d’électricité…

Le détachement du non signifie que le sujet en question n’est pas qualifié par l’adjectif que tu utilises (le paiement n’est pas complet = le paiement non complet) alors que sa ligature montre que c’est ton sujet qui n’existe pas (il n’y a pas de paiement = le non-paiement).

J’espère avoir été non incompréhensible…