On peut dire les deux avec une (toute) petite nuance :
– une formation de deux heures : on insiste sur la formation qui est « officielle » et structurée
– deux heures de formation : on insiste sur la durée alors que la formation est peut-être plus informelle.

Question de mise en valeur !! Dans la première phrase on met en relief  »la formation », dans la deuxième  »la durée »!!

J’indiquerais d’abord la nature de l’activité puis sa durée, qui n’est qu’une de ses modalités.
Mais on peut dire les deux bien sûr,