Bonjour,

Merci se construit normalement avec la préposition de. Merci de votre obligeance. Mais on rencontre de plus en plus la préposition pour. Merci pour la visite.
Devant un infinitif de est obligatoire. Merci d‘être venu.

Mille mercis Grand maître czardas.

Bonjour Nadimone,

Comme remercier, merci  se construit avec de ou avec pour.  Le Bon usage de 2017, qui écrit cela, cite des ex. avec de et pour sans qu’on puisse percevoir une différence sémantique . 
L’éminent grammairien J. Hanse écrit qu’on peut dire Merci de votre lettre ou pour votre lettre.

Rem.: L’Académie française donne un ex.avec de : Merci de votre obligeance.

Pour ma part, je n’applique donc pas les distinctions que certains font encore (concret/abstrait ou futur/passé), que l’on ne peut justifier de façon convaincante alors même  que l’usage admet de plus en plus pour. 

N.B. Si le complément est un infinitif, la construction avec de est la seule possible : Merci de prendre soin d’elle. 

Ma conclusion :  L’assistante administrative en question a écrit « merci de votre message »  à juste titre.

Donc Prince,  je peux aussi écrire merci pour votre message?

Un autre exemple : merci de votre amabilité ou merci pour votre amabilité?

Tout à fait, Nadimone.  🙂

Merci beaucoup à vous deux.

Merci « pour » les fleurs.
Le « de » n’est pas possible.
Si vous parlez du contenu du message (voire de sa forme), c’est le mot « pour » qu’il faut utiliser.

Le « de » sous-entend un verbe, une action.
Merci de votre attention = merci d’être attentif…
Merci de votre réponse = merci d’avoir répondu…

Avec « message », bien que le verbe « messager » n’existe pas, on peut envisager les deux sens : merci d’avoir répondu (l’action), ou merci pour vos informations (le contenu). Mais formellement,  vous avez raison, on doit préférer « pour ».