Il ne s’agit pas de surnoms mais de périphrases incluant des noms communs, donc je ne mettrais pas de majuscules. Rien ne le justifie.

Jean-Pierre Colignon est d’un avis exactement inverse (https://jeanpierrecolignon.wordpress.com/tag/la-ville-rose/). Il écrit « la Ville rose » et la « Ville éternelle ». La capitale se justifie, de même que « Ville sainte » pour Jérusalem par le fait qu’il n’y a pas qu’une ville rose, qu’une ville éternelle, qu’une ville sainte.  Pour indiquer que l’on désigne bien Toulouse, Rome ou Jérusalem, la capitale me semble donc de rigueur. Et il en ira de même pour la « Cité des cinq clochers » (sans capitales à cinq et clochers) car bien des villes ont en tout et pour tout cinq clochers (d’ailleurs Tournau en a plus de cinq, mais le nom vient de l’histoire de la ville).