En l’absence de tout contexte, on peut écrire :  Alors que le conquérant triomphait de ses ennemis, il pardonna. »

Bonjour,

La conjonction alors que marque l’opposition :

Pierre est grand et mince alors que son frère est petit et gros.

Employé avec l’imparfait de  l’indicatif cette conjonction marque un rapport de temps et signifie lorsque , quand

Alors que j’étais encore enfant, j’allais souvent à la bibliothèque de mon village.

Marque aussi la simultanéité de deux actions (au moment où)

Alors qu’il rentrait chez lui, le téléphone sonna.

Dans votre phrase il faut employer une conjonction qui introduit une subordonnée marquant la postériorité. 

Il serait préférable d’écrire :

Après que ce conquérant eut triomphé de ses ennemis, il fit preuve de magnanimité envers eux.