Les adverbes monosyllabiques (bien, mal, mieux, etc.) suivent souvent l’auxiliaire dans les remps composés (sauf les adv. de temps et de lieu). Le salaire a bien été calculé.  Le salaire n’a pas bien été calculé.

Joseph Hanse, p. 52.

L’adverbe « bien » peut se placer avant ou après l’auxiliaire avec un sens parfois nettement différent.

Le salaire n’a pas bien été calculé
Le salaire n’a pas été bien calculé

Ici les sens sont très proches (il y a quand même une légère nuance : bien devant le participe passé insiste sur le résultat.
mais à la forme active :
Le salaire a  bien été calculé : a été effectivement calculé
Le salaire a  été bien calculé : a été correctement calculé

Je suis d’accord avec Tara, à la forme affirmative, nous aurions :
Le salaire a  bien été calculé : a été effectivement calculé
Le salaire a  été bien calculé : a été correctement calculé

En revanche, nos points de vue divergent car ça ne fonctionne pas à la forme négative « le salaire n’a pas bien été calculé » ne signifie pas « il n’a pas été effectivement calculé » ce qui n’aurait pas de sens.

Aussi, à mon sens, la seule bonne tournure est : Le salaire n’a pas été bien calculé.