Il est difficile de vous donner une réponse simple, mais si la nuance est difficile à expliquer, cela ne signifie pas qu’elle n’existe pas.
Crois-tu que sa remarque est fondée ? : le fait à l’indicatif est considéré comme un fait étant acquis par le destinataire et qui est remis en question. Avec l’indicatif, le locuteur cherche à intégrer ou éliminer une  croyance chez le destinataire et lui-même aussi parfois.

Crois-tu que sa remarque soit fondée ?   « être fondé » le fait que dénote le subjonctif est considéré comme non acquis par le locuteur. C’est une situation à débattre.

D’après : Le subjonctif comme marqueur procédural de Alain Rihs