Il n’y a pas lieu de dire ou d’écrire « Rebonjour » , ni même « re-bonjour « .
Bien qu’elle soit passée dans le langage courant (ce qui ne prouve pas que cela se dit), la tournure, plus que familière, est inappropriée.
Je suppose qu’il s’agit d’un échange de courriers (électroniques sans doute).
Or dans un courrier, pour la ligne d’appel on attend une « appellation » comme son nom l’indique, et non pas des salutations , qui ont leur place en fin de courrier, avant votre signature.
Et si vous échangez dix messages, le dixième comportera-t-il dix fois « re » avant votre bonjour ? Ce serait grotesque, n’est-ce pas ?
Vous pouvez écrire « C’est à nouveau moi », éventuellement.
Si vous étiez au téléphone, vous ne diriez pas « bonjour »  avant chacune de vos réponses. Eh bien cela se fait encore moins dans un échange de messages.

Vous pouvez commencer votre réponse par « En effet Madame Machin / Oui Paul je suis de votre avis, malgré tout…. » ou bien « J‘ai encore une question à vous poser » ou bien « À ce propos« , etc. Tout simplement.