Son approbation, même tacite, équivalait à une garantie; sa suspicion, à un signal d’alarme dont on tenait toujours compte.

Oui il faut une virgule qui souligne l’ellipse du verbe. Sans virgule, « à un signal d’alarme » apparaîtrait comme un complément (bizarrement introduit par « à ») du nom « suspicion ».