Ils sont tous seuls : le « S » de « tous » se prononce. « Tous » est un pronom (masculin) pluriel qui reprend le sujet « ils ». Sans cette reprise on a  : Tous sont seuls. Au féminin :  Elles sont toutes seules = toutes sont seules.

Ils sont tout seuls : ici  « tout « est adverbe modifiant l’adjectif. Sens : ils sont totalement seuls