En effet si « comprendre » a le sens d’une opinion : je comprends qu’il se plaigne , vue sa situation. il sera suivi d’un subjonctif.
Mais comprendre peut avoir le sens d’un processus intellectuel, auquel cas il sera suivi d’un indicatif.
Je comprends d’après sa lettre, qu’il est malade/qu’il viendra demain.

A vous de voir quel sens vous donnez à « comprendre dans votre phrase :
Je comprends qu’il suit un traitement (d’après ses propos)  ou je comprends qu’il suive un traitement (il a bien raison car il en a besoin).