Il y a les principes de base de la typographie et quelques rares exceptions que l’on peut qualifier d’historiques.
Dans les textes chrétiens, en effet, il y a eu une école qui affectait la majuscule à tout ce qui désigne ou  émane directement de la personne divine, qui appartient en propre à une des personnes de la Sainte(-)Trinité ainsi qu’à la Vierge Marie (deux exemples desdites majuscules).
Conformément au principe général typographique, les pronoms, adjectifs et autres mots qui précèdent immédiatement sont eux aussi majusculés (ici Ton ou Notre). Cela explique les exemples que vous donnez.
Par contraste, ce qui n’est « que » consacré par le culte ou lié indirectement n’a pas de majuscule :  le saint sépulcre, la sainte hostie, etc.
À défaut d’être fondée, cette distinction permet de rapidement savoir ce que l’on doit majusculer ou non, et cela de manière cohérente sans passer par les innombrables références qui sont en désaccord au cas par cas.
NB Si je connais un peu le sujet de ces patenôtres, c’est que comme relecteur-correcteur j’ai déjà eu plusieurs fois le cas et que je l’ai réglé comme cela avec différents éditeurs et auteurs.