La réponse est toute simple. Comme il s’agit d’un nom propre, on doit se conformer à l‘orthographe et à la prononciation  données par celui qui le porte.
Ce nom est composé de deux noms propres qui ont, à un moment ou à un autre été réunis. L’absence de liaison permet d’éviter une confusion qui n’existe pas avec « saint » ou « pont ». Quand on entend « Saint(t)Étienne » on reconnaît les deux mots « saint » et Étienne », ce qu’on ne peut pas avec « Dupont (t) Aignan » : le deuxième nom pourrait aussi bien être alors « Taignan ».
De la même façon, si on ne nous donnait pas l’orthographe des noms propres on pourrait écrire de plusieurs façons les noms qu’on entend.