Pour s’assurer qu’un mot qu’on croit être un adjectif en est bien un

La tournure est bien correcte en effet.
« L’est bien  » ne conviendrait pas, car cela correspondrait à « Il est bien adjectif« .
Or dans votre phrase, « adjectif » n’est pas un adjectif justement, c’est un nom commun, et donc un article est nécessaire. Et ici « en…un » remplace l’article.
Par exemple, la tournure fonctionnerait avec un adjectif :  « pour m’assurer qu’il est sincère –> pour m’assurer qu’il l’est bien. »