Le plus embêtant ici, ce n’est pas le fait d’être nuls qui les dérange, mais qu’on le leur dise.

Beaucoup de pronoms dans cette phrase.

‘les’ est pronom personnel COD du verbe déranger (il reprend un nom masculin pluriel présent en amont dans la phrase)
‘le’ est un pronom neutre qui reprend ‘être nuls’. Il est COD dur verbe dire
‘leur’ est pronom personnel qui reprend le même nom masculin pluriel que ‘les’, qui est, lui, COI (complément d’objet indirect : à eux)  du verbe dire

on peut rajouter :
– ce : pronom démonstratif neutre reprenant ‘le plus embêtant’, sujet du vrbe être
– qui ; pronom relatif neutre ici qui reprend ‘le fait’ , sujet du verbe déranger
– on pronom indéfini, sujet du verbe dire