Le fait désigne ici ce qui est arrivé, ce qui existe. ll désigne de façon globale ce qui est arrivé et il peut s’agir de plusieurs processus. On a ici un concept abstrait et c’est pour cela que le singulier est de mise.
1 Le fait que je sois venu, qu’elle ait apporté un cadeau et qu’il ait fait beau les a comblés.

Cependant, on peut concevoir un contexte où le pluriel est préférable. Par exemple dans une enquête où on « collectionne » les faits.
2 Les faits: que je suis venu, qu’elle a apporté un cadeau et qu’il fait beau, convergent tous vers une seule évidence. Etc.
Remarquez alors le passage du subjonctif à l’indicatif.

En 1 le locuteur focalise sur sa pensée, en 2 il focalise sur le concret