Cela date, mais je donne quand même mon point de vue.

On accorde bien. Cela devient « Elle s’est appliquée à ». Par contre, je ne suis pas d’accord avec les justifications au dessus, donc je vais donner les miennes, car je pense que cela peut être utile pour d’autres personnes qui voudront utiliser nos remarques pour d’autres verbes pronominaux.

Le verbe pronominal s’appliquer (à) n’est pas essentiellement pronominal. Essentiellement pronominal signifie que le verbe s’utilise pratiquement qu’à la forme pronominale (98% pronominal on va dire) alors que là, on l’utilise la plupart du temps sans la particule pronominale. Ex : appliquer des solutions, des procédures, etc. Donc vu qu’il n’est pas essentiellement pronominal, il fonctionne comme le verbe avoir pour savoir si cela s’accorde.

Personnellement je ne poserai pas la question avec qui plutôt que quoi, car on cherche un COD, pas le sujet de la phrase, cela devient traître de se dire qu’on peut poser la question avec qui, risque d’accorder avec le sujet et pas le COD. Donc « elle a appliqué quoi » -> « elle a appliqué elle-même » -> Le COD est placé avant donc cela s’accorde. Elle s’est appliquée à. Dans ce contexte, le sujet et le COD sont similaires.

Cela n’a pas d’incidence sur l’accord le fait d’avoir s’appliquer à, le à est un complément de phrase, il ne représente pas un COI ici.

Pour l’exemple de phrase donnée plus haut : Elle s’est appliqué une crème sur le nez
C’est bien la preuve que s’appliquer n’est pas un verbe essentiellement pronominal, car si cela avait été le cas, on aurait dû accorder avec le sujet, comme on le fait avec le verbe être. Pour moi, ce n’est pas parce qu’elle s’est appliquée à elle-même la crème (COI) que cela ne s’accorde pas, mais parce que le COD de la phrase est la crème, et qu’il est placé après