Ce n’est pas exactement la même chose mais les deux sont corrects. Tout dépend du contexte.
Où pensez-vous que nous en sommes ? ==> On demande son opinion à quelqu’un (ce peut être une devinette ?)
Où en sommes-nous ? ==> La demande est plus nette, on sait que la personne détient l’information. Ce peut être aussi une question rhétorique (qui n’appelle pas de réponse).