Il arrive que (+ indicatif ou subjonctif). Les deux constructions sont correctes, toutefois l’emploi de l’indicatif est un peu vieilli et très soutenu, sauf dans des phrases au passé : il arrivait que des hommes quittaient leur village. Le subjonctif est plus courant : il arrive que le puits soit à sec.
Larousse

Je trouve cette indication du Larousse incomplète.
Avec l’indicatif,  l’expression a un autre sens que celui qui est suivi d’un subjonctif : les faits qu’on énonce se sont produits et non pas une éventualité.

C’est ce que dit le TLF :
3. Il arrive que + verbe au subjonctif (pour exprimer un fait simplement possible) ou à l’indicatif (pour exprimer la réalité d’un fait)

Il arrive qu’une douleur apparaisse puis qu’elle disparaisse : énonciation d’une possibilité.
Il arrive qu’une douleur apparaît puis disparaît : énonciation d’un fait.
Les deux phrases ont finalement un sens très différent.