M. Sylvain a demandé à Mme Céline de rejoindre ? (d’être affectée à  ? )  un autre service dont les missions sont antinomiques avec celles du service Marketing, suscitant son incompréhension ainsi que celle de ses collègues – qu’elle connaissait déjà depuis plusieurs années.

Elle connaissait : attention à l’accord du verbe avec le sujet
M. diminutif de Monsieur.

Votre phrase est bien trop longue, on perd le sens du message.
On ne comprend pas ce qu’elle connaissait ? ses collègues ?
on ne comprend pas « antinomiques ».

Vous voulez dire que Mme Céline a été affectée à un service qui ne correspond pas à ses compétences qui relèvent du marketing ; et que cela constitue un préjudice ou un obstacle pour elle ? Soyez plus directe et plus précise, et mettez la réaction des collègues dans une autre phrase.