L’imparfait utilisé ici n’est pas temporel mais modal. Il a une valeur d’hypothèse comme dans la phrase :
Si j’étais sûre de moi, je lui donnerais des explications.  Ou d’irréel : Si j’étais un lion, je chasserais les antilopes.
Et aucun futur du passé mais bien un conditionnel pour le verbe de la subordonnée :
Si de telles valeurs apparaissaient pendant les calculs, cela serait un signe que les résultats ne sont probablement pas corrects car le modèle sortirait de son domaine de validité.

L’indicatif présent qui suit :  les résultats ne sont probablement  est correct et marque un degré de probabilité assez fort.
On pourrait avoir : ne seraient probablement pas corrects avec un degré de probabilité moins fort
Quant au dernier verbe il est au conditionnel comme le verbe auquel il est coordonné (par « car ») c’est à dire le verbe « être » (serait)