Comment cela se faisait-il que nous n’eussions pas été conquises ?
Le second verbe est bien la conjugaison du verbe « conquérir » à la première personne du pluriel du plus-que-parfait du subjonctif au féminin avec une négation à la voix passive.
J’aurais mis le passé : Comment cela se faisait-il que nous n’ayons pas été conquises ?
Le plus-que-parfait du subjonctif est un temps surtout employé en littérature à la troisième personne du singulier et c’est là sa principale difficulté. Il permet d’exprimer une action incertaine en principe réalisée au moment où on parle. Je ne pensais pas qu’il eût terminé à temps.
Dans l’usage moderne (et particulièrement à l’oral), on le remplace par le subjonctif passé (quoiqu’il subsiste parfois dans certains usages littéraires).
Exemples :

• La phrase « Je veux que tu lui aies dit bonjour avant de prendre ton repas. » devient au passé « Je voulais que tu lui eusses dit bonjour avant de prendre ton repas. ».
• La phrase « Il est absolument indispensable qu’il ait vendu toutes ses radios avant qu’il puisse revenir en France. » devient au passé « Il était absolument indispensable qu’il eût vendu toutes ses radios avant qu’il pût revenir en France. ».