Oui, « éclairs » ici a valeur d’adjectif, donc on accorde en nombre.

En revanche, la concordance des temps vous oblige à écrire « Cela faisait seize ans que nous nous étions revus ».

Mais là encore la tournure de phrase n’est pas correcte, il vaudrait mieux écrire :
Nous nous étions revus seize ans plus tôt, à l’occasion de l’un de mes passages éclairs
Nous nous sommes revus il y a seize ans
Cela fait seize ans ans que nous ne nous sommes pas revus. La dernière fois, c’était à l’occasion de…