Après l’expression d’une fraction ou d’un pourcentage suivis d’un complément, l’accord du verbe peut se faire au singulier ou au pluriel, selon le sens ou l’importance qu’on accorde à la proportion exprimée par la fraction ou le pourcentage, ou à l’ensemble exprimé par le complément. Dans ce dernier cas, un complément au pluriel entraîne un verbe au pluriel, tandis qu’un complément au singulier entraîne un verbe au singulier. Voir exemples ici. 
Dans votre cas, il me semble que la totalité du territoire est couvert, donc je mettrai le singulier : 100% du territoire (est) couvert (tout le territoire est couvert).